現在釀酒的發酵分為兩種，一種是純種發酵，比如做啤酒，對于這整個過程研究得很透徹很清楚，但歷史更悠久的是傳統發酵，包括茅臺啊五糧液啊國窖啊都是這種，其中涉及的微生物非常多，雖然也有研究機構把所有微生物都進行了研究，但是并不是說傳統發酵就微生物單獨作用，包括整個的氣候、釀酒用的水、酒曲、微生物的相互間作用，甚至包括釀酒人員的操作也會嚴重影響到最終出酒的狀況，的確完整的機理就是沒有搞清楚

在釀酒過程中利用的微生物是酵母菌；在制作酸奶的過程中利用的微生物是乳酸菌。

酒是不一樣的，釀酒一個重要的地方就在于味道，而味道不是化學方法就能輕易搞出來的，糧食作物經過微生物的一系列反應和作用產生各種類別的物質，雖然本質上都是化學物質但是它們的成分是復雜的，也可以說味道是成千上萬中化學物質混合而成就的，單一靠化學方法來獲得不僅沒有了糧食的香味而且混合那么多化學物質也是很麻煩且困難的。酸奶就不太一樣了，它添加的微生物種類不需要多而雜的

釀酒微生物參與發酵淀粉和糖類物質生產酒的微生物。釀酒微生物種類很多，大體上可分為酒化菌（酵母菌）、糖化菌（絲狀菌）和細菌3大類。酒化菌釀酒工業中常用的有①啤酒酵母：分為上面酵母和下面酵母，雖然發酵能力和性能各異，但都適用于以淀粉為原料的糖化液，是生產啤酒、白酒、威士忌的優良菌種;②啤酒酵母的變種:挪威生物學家G.H.A.漢森從葡萄果皮中分離出來的。在麥汁中培養細胞呈卵圓形，有時少數呈臘腸形；能耐較高的酸度，耐乙醇的能力可達10%以上，能耐較低的二氧化碳；屬于下面酵母，適用于葡萄酒發酵；③裂殖酵母：其特點是以分裂方法繁殖，細胞呈圓筒形、長方形或圓形；可發酵各種糖類;不同化硝酸鹽,在乙醇中不生長；④生香酵母：以葡萄糖或酒精為碳源，在發酵過程中能產生香味。糖化菌可將淀粉質原料轉化成葡萄糖的菌類。糖化力強,繁殖速度快，熱穩定性良好，耐酸，耐酒精,不產或少產可降低甲醇生成量的果膠酶。在釀酒工業中常用的有曲霉、根霉、擬內孢霉、紅曲霉和毛霉等。細菌其代謝產物對白酒、黃酒和葡萄酒的香型和風味具有特殊作用。在發酵釀酒過程中，適當引入細菌還能克服白酒后味不足的缺點。在釀酒工業中常用的細菌有乳酸桿菌、醋酸菌、丁酸菌等。